現在の設定運賃
大人普通運賃・・・大手航空会社より40%前後安い運賃です。変更・払い戻しが自由である事は他社と何ら変わりません。
子供普通運賃・・・満12歳までが利用できる子供向け運賃です。条件なんですが大人普通運賃と同じで、他社と違い大人の半額に設定されていないので、割引運賃を購入したほうが安い場合もあります。
身体障害者割引運賃・・・身体障害を持つ乗客とそれを介護する人が対象です。条件なんですが普通運賃と同じです。
前割21・・・事前購入型運賃。21日前までの購入すれば割引価格で提供されます。搭乗日・便の変更は購入後には出来ません。
前割10・8・7・5・3・2・1・・・事前購入型運賃。上に記載されている前割21よりは高く設定されています。特徴なんですが、他者の事前購入型運賃・前割21は日付・便の変更が一切出来ないが、この運賃は同種運賃なら無料で、前割のカテゴリ内なら差額を支払うことで変更できるようになっています。
（例：前割10→前割10への変更は無料・前割10→前割8への変更は差額を支払うことで変更可）。
スカイバーゲン・・・最安値運賃（千歳線ではごく一部の便で前割21のほうが安い場合もある）。2ヶ月前から49日前までに予約・購入が必要です。導入当初2006年は、宣伝もかねて国内全便5,000円という超激安価格で販売しました。今では神戸線が7,000円で、それ以外の便は10,000円です。
SKYスペシャル・・・空席状況によって設定される運賃です。インターネット上で対象便を発表しています。締め切りは3日前です。
スカイメイト・・・当日に空席があれば利用できる運賃です。12歳から22歳までが対象です。
シグナスクラス込みの料金で発券できるのは、普通運賃と前割1のみで、その他の運賃では事前にシグナスクラスを予約出来ません。当日空席がある場合に限り、空港カウンターで追加料金1,000円を支払い変更できます。
2006年に運賃形態を変更した際は、運賃設定を普通運賃・前割7・スカイバーゲン・身体障害者割引運賃のわずか4種に減らしたこともありましたが、今では上記の通り事前購入運賃を最も多く設定しています。
現在スカイマークは、シグナスクラスを除き事前座席指定を行っていませんが、2008年4月25日就航予定の羽田―旭川線では、公式サイトより予約・購入した客に事前座席指定を利用できるようにする予定だそうです。